Зонд онлайн ру: Вход в систему

О нас – Zont

Наша специализация

Производство устройств дистанционного контроля и диспетчеризации систем отопления, охранных комплексов для помещений, противоугонных автомобильных комплексов, систем мониторинга транспорта

РАЗРАБОТКА ИННОВАЦИОННЫХ И УНИКАЛЬНЫХ ПРИБОРОВ

ТЕХНОЛОГИИ M2M, IOT, GSM / WI-FI, ГЛОНАСС / GPS, ETHERNET, BLUETOOTH

ДОРАБОТКА ПРИБОРОВ И ФУНКЦИОНАЛА ПО ЗАПРОСАМ ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ

РАЗРАБОТКА СОБСТВЕННОГО ПО С ЕДИНЫМ ЦИФРОВЫМ СЕРВИСОМ

ОБЕСПЕЧЕНИЕ ПОЛНОЙ БЕЗОПАСНОСТИ СИСТЕМ ОТ ВЗЛОМА И ПЕРЕХВАТА СИГНАЛА

ОБУЧЕНИЕ И ТЕХПОДДЕРЖКА НА ВСЕМ ЖИЗНЕННОМ ЦИКЛЕ УСТРОЙСТВА

Уникальность приборов и технологий

Оборудование всех направлений объединяет высокая степень безопасности от взлома и перехвата сигнала

Радиоканал защищен диалоговым кодом и алгоритмом криптографического преобразования. Данная методика шифрования применяется в военной авиации, работе спецслужб и банковском оборудовании.

Частотный диапазон 868 МГц является наиболее помехозащищенным, так как он меньше всего загружен различными радиоустройствами. Обеспечивает стабильный обмен данными.

Отказоустойчивость и стабильная работа оборудования подтверждена временем.

Все наши приборы соответствуют стандартам профессионального использования.

История и достижения

Компания «Микро Лайн» образована в 2002 году. Основным направлением деятельности была выбрана разработка микропроцессорных устройств. Актив компании на тот момент составляли 8 сотрудников и два съемных кабинета, а поставленной целью было — развитие собственного Проекта автомобильного бортового компьютера.

Первыми штучными приборами стали бортовые компьютеры для автомобиля ВАЗ-2110, получившие название БК-12.

Понимание поставленной цели и упорство коллектива при ее достижении, наряду с применением новых технологий в производстве и разработке, позволили в короткий срок выпуск БК-12 из штучного перевести в серийный.

Проект автомобильного бортового компьютера БК-12 получил название «ПРЕСТИЖ» и приборы, выпускаемые под этим брендом, охватывали уже практически весь модельный ряд отечественных автомобилей, а также успешно применялись на автомобилях иностранного производства.

Старт совершенно нового, инновационного на тот момент Проекта — Системы дистанционного мониторинга транспорта и контроля расхода топлива «АВТОСКАН». Проект достаточно быстро привлек к себе первых крупных «корпоративных клиентов» и в том же году было принято решение о формировании дилерской сети компании во всех регионах страны. К декабрю 2006 года коллектив компании составил 35 человек, а арендованные площади увеличились втрое.

Новый виток развития компании — два успешных проекта «ПРЕСТИЖ» и «АВТОСКАН», сопровождаемые трудолюбием коллектива и ответственным подходом к выполнению поставленных задач, позволили серьезно вложиться в развитие компании.

Приобретение собственного производственного помещения 472,8 м2 и установка современного оборудования для автоматического монтажа печатных плат «AUTOTRONIK», послужило основой для выхода на более высокий уровень технического развития и освоения новых перспективных направлений.

Компания начала разрабатывать и производить электронику для отопительных котлов, маршрутизаторы для банкоматов, контроллеры для рефрижераторных установок, домашние сигнализации и современное оборудование для мониторинга транспорта, использующее GPS/ГЛОНАСС навигацию. Растет число крупных «корпоративных» клиентов.

Начало нового, грандиозного в рамках компании проекта «ZONT», ставшего в настоящее время ее визитной карточкой. Над проектом работали высококвалифицированные специалисты инженерного отдела и сотрудники производства, оснащенного современным электромонтажным оборудованием.

Среди продукции, которая поставляется компанией, особое место заняло оборудование, которое завоевало доверие и массовую популярность. Это GSM-термостаты и контроллеры ZONT, которые предназначены для дистанционного контроля отопительными котлами и управления системой отопления в целом. Данное оборудование включено в состав рекомендуемого дополнительного оборудования производителей теплового оборудования BDR Thermea и VaillantGroup.

PRO стандарты

Соответствуя профессиональным стандартам, пристальное внимание уделяем как компонентам и комплектующим, так и производственным процессам.

С марта 2022 года введена в эксплуатацию система автоматической оптической инспекции. Лазерный станок осуществляет машинно-оптический контроль выпускаемых плат. Системе достаточно 25 секунд для полного сканирования и передачи отчета оператору. Исключаем риск человеческого фактора и допуск даже малейших недочетов при проверке.

Все платы отопительных контроллеров серии PRO успешно прошли интеллектуальный контроль.

«Микро Лайн» сегодня

Это компания полного производственного цикла, в которой работают профессионалы высокого уровня.

На одном предприятии реализуются все процессы — от инженерных разработок до выпуска готового продукта и создания уникального программного обеспечения.

Единая технологическая цепочка, связывающая реализацию всех процессов — важное конкурентное преимущество.

Продуктовый портфель

GSM-сигнализации для стационарных объектов Mega SX и Контроллеры «Умного дома» ZONT

Автомобильные противоугонные GSM/ GPS/ ГЛОНАСС системы ZONT

Термостаты и Контроллеры ZONTдля автоматизации систем отопления

Аксессуары и Датчики для оборудования ZONT и Mega SX

Спутниковая система мониторинга транспорта AutoScan

Производство продуктов под СТМ для производителей

• Bosch
• Valtec
• Viessmann
• Vaillant
• Baxi
• Zota

Производство промышленных маршрутизаторов для терминального банковского оборудования

• CityNet

Среди наших клиентов

Мы – команда!

В компании «Микро Лайн» бок о бок работают «ветераны» и новички

Мы результативные, целеустремленные, ответственные, честные, обучаемые, дружелюбные, инициативные, технически грамотные профессионалы.

Постоянно развиваемся
Вклад каждого человека имеет решающее значение для нашего успеха. Профессионально растём сами и помогаем развиваться клиентам, предлагая уникальные технологии, наши знания и опыт.

Ценим Клиента
Строим индивидуальный подход к каждому партнеру. Открыты к общению. Слушаем, слышим и стараемся понять иную позицию.

Действуем, как лидеры
Мы изобретательны и легко адаптируемся к изменениям внешней среды. Берём ответственность и находим решение в непростых ситуациях. Готовы идти на продуманный риск.

Работаем в команде
Сотрудничаем для достижения общего результата, проявляя взаимопомощь и взаимоуважение.

Цель нашей команды — предложить рынку лучшее!

Оплата услуг ЖКВ “ЗОНД-5”, ИНН 2127027215, Чувашская республика онлайн – Поставщики

• Оплатите услуги
  любых компаний

Оплата услуг

• Популярные
• Интернет
• Платное телевидение
• Домофон и охрана
• Телефония
• Управляющие компании
• Коммунальные службы
• Мобильная связь
• Государственные услуги
• Интернет-магазины
• Образование
• Погашение кредитов
• Другие
• Игры и развлечения
• Платные дороги
• Налоги
• Штрафы ГИБДД

ПопулярныеИнтернетПлатное телевидениеДомофон и охранаТелефонияУправляющие компанииКоммунальные службыМобильная связьГосударственные услугиИнтернет-магазиныОбразованиеПогашение кредитовДругиеИгры и развлеченияПлатные дорогиНалогиШтрафы ГИБДД

ООО «Газпром Межрегионгаз»

ОАО «Электросеть» г.

о. Мытищи

Оплата штрафов ГИБДД (Федераль…

Налоги (Федеральное Казначейст…

МТС, мобильная связь

Оплата в бюджетные организации

Оплата начислений из ГИС ЖКХ

АО «Тинькофф Банк» – оплата кр…

НТВ ПЛЮС

AVON

QWERTY

ПАО «Сбербанк» – оплата кредит…

Показать еще

янв 1 2023

С Новым Годом!

Вся Россия

дек 23 2022

ВсеПлатежи запустили оплату через СБП

Вся Россия

ноя 3 2022

Оформите страховку жилья в два клика!

Вся Россия

Все новости

Динара Мусайбекова

Оригинал отзыва

Очень удобный классный сайт, никаких очередей, сел вечерком и оплатил все ровно за 10 минут. Я очень очень довольна! Спасибо за ваше существование ✌ ✌ 😌

silver_dew

Оригинал отзыва

Пользуюсь данным сервисом полтора года и всем довольна. Долго не было моей УК, но она таки появилась! Если появляются какие-то новые квитанции, типа за кап. ремонт – они оперативно появляются на сайте. Платежи проходят стабильно, не видела задержек. Главное — сайт меня спасает от походов на почту к бабушкам и огромным толпам!!

Наталья Ермолаева

Оригинал отзыва

Пользуюсь сайтам давно! Всё нравится! Отдельное спасибо онлайн-операторам (Омск): (Юля,Оля) Девочки вы просто СУПЕР ! МОЛОДЦЫ! Всегда советую всем пользоваться этим сайтом. Большая экономия во времени. В электронной почте завела папку коммуналка -2016 куда стекаются все про плаченные квитанции за год . Бонусы отправляю на благотворительность.

MATRIX-F II FT-NIR спектрометр | Bruker

Основные моменты

Smart Analyzer

Integrated Process Communication

Полностью автономный с интегрированным ПК

LONGE LIFE NIR SOURCE

Среднее время жизни> 3 года

Индустрия 4. 0

Предоставляет множество дополнительных параметров устройства для мониторинга состояния

Лазерный диод

Снижение стоимости владения

Оптимизированная калибровка по оси X для повышения надежности

Технологический спектрометр MATRIX-F II

Оптическая спектроскопия сегодня является очень важной технологией для онлайн-мониторинга и оптимизации процессов. Оптоволоконные датчики позволяют непосредственно наблюдать за процессом без временной задержки.

Спектрометр MATRIX-F II FT-NIR позволяет выполнять прямые измерения в технологических реакторах и трубопроводах, что позволяет лучше понять процесс и контролировать его. Его инновационная технология обеспечивает неизменно высокое качество результатов, меньшее время простоя и прямой перенос метода. Все технологические спектрометры Bruker отличаются надежностью, долговременной стабильностью и низкими затратами на техническое обслуживание.

Тысячи установок в химической, нефтехимической и полимерной промышленности, а также в фармацевтических производственных процессах и в области производства продуктов питания и кормов подтверждают наш опыт.

Мониторинг процесса FT-NIR

Прямые технологические измерения с помощью ИК-Фурье-спектроскопии

Сегодня многие производители стремятся не только производить конечный продукт высочайшего качества, но и повышать эффективность производства, используя лабораторные технологии анализа и применяя их на своих предприятиях. Получив более жесткий контроль над производственным процессом, можно оптимизировать использование материалов и сократить или исключить производство материалов, не соответствующих техническим требованиям, что позволяет избежать затрат на переработку или утилизацию.

Преимущества анализа FT-NIR в режиме реального времени хорошо известны. Однако обычные спектрометры можно устанавливать только рядом с процессом, за которым они наблюдают, что подвергает анализатор воздействию агрессивной среды, такой как резкие перепады температуры и воздействие пыли и грязи. Кроме того, прибор необходимо располагать в труднодоступном и часто взрывозащищенном месте.

Используя оптоволоконную технологию, можно получить доступ к труднодоступным точкам измерения с помощью закаленных в промышленности волоконно-оптических зондов, в то время как MATRIX-F II можно расположить, например, на в доме анализов. Bruker Optics предлагает комплексные решения для различных задач онлайн-анализа.

Общие приложения для управления технологическим процессом включают прямой мониторинг химических реакций и качества промежуточных и конечных продуктов:

• Прямое измерение в технологических реакторах или трубопроводах, над полотнами или конвейерными лентами.
• Дистанционные измерения на больших расстояниях.
• Улучшено понимание процесса и контроль.

Идеальный инструмент для определения однородности процессов смешивания, концентраций составляющих химических веществ и состояния процессов полимеризации в различных отраслях промышленности.

 

Для получения более подробной информации свяжитесь с нами

Максимальная полезность

MATRIX-F II — единственный спектрометр FT-NIR, который может измерять материал как контактно, так и бесконтактно с помощью всего одного прибора, использующего технологию световода:

Волоконно-оптические зонды: Классический коэффициент диффузного отражения, коэффициент пропускания или передающие зонды с различной длиной оптического пути, а также технологические проточные ячейки или пилотные установки. Доступны различные материалы зонда, такие как нержавеющая сталь или хастеллой.

Головки для бесконтактных измерений: Волоконно-оптическая головка NIR для освещения и обнаружения содержит вольфрамовые источники, которые освещают образец. Рассеянный свет собирается и направляется по оптоволоконному кабелю на спектрометр. Таким образом, бесконтактное измерение можно выполнять удаленно, открывая целый ряд новых приложений. К одному эмиссионному или дуплексному спектрометру MATRIX-F II можно подключить до шести головок.

Узнайте о преимуществах мультиплексной спектроскопии FT-NIR для ваших процессов

МАТРИЦА-F II:

Классический спектрометр FT-NIR с оптоволоконным соединением для использования проточных кювет и обычных датчиков (для твердых и жидких тел).

 

Выброс MATRIX-F II:

Специальная версия спектрометра MATRIX-F II для использования оптоволоконных измерительных головок только для бесконтактных измерений.

Дуплекс MATRIX-F II:

Расширение классических спектрометров MATRIX-F II FT-NIR для одновременного использования волоконно-оптических зондов и сенсорных головок с оптоволоконным соединением.

Взрывозащищенный MATRIX-F:

MATRIX-F также доступен во взрывозащищенном исполнении, сертифицированном по ATEX и соответствующем следующим стандартам: 

• II 2G Ex px II T6 Gb
• II (1) G [Ex op is T4 Ga] II C

Характеристики

Передовые технологии

MATRIX-F II — это специализированный технологический спектрометр FT-NIR, способный работать непосредственно в суровых условиях.

В этом приборе используется современная оптика, обеспечивающая выдающуюся чувствительность и стабильность в компактном модуле. Его инновационный дизайн обеспечивает стабильные результаты высокого качества, меньшее время простоя, прямой перенос методов и возможность новых применений, на которые не способны менее чувствительные и точные инструменты. Полная поддержка стандартных отраслевых протоколов связи гарантирует простую интеграцию.

MATRIX-F II также можно установить в лаборатории как автономную систему для разработки методов, а затем переместить непосредственно в ваше технологическое приложение. Он доступен в виде отдельно стоящего устройства с корпусом NEMA 5/IP65 (брызгозащищенный), но также может быть установлен в стандартной 19-дюймовой стойке в шкафу с регулируемой температурой. MATRIX-F II может быть оснащен 6-портовым оптоволоконным мультиплексором.

• Точные оперативные результаты в секундах
• Несколько компонентов на измерение
• Неразрушающий анализ
• Дополнительный встроенный 6-портовый мультиплексор
• Прямой перенос метода
• Прочная конструкция
• 10 лет гарантии на подвижные части интерферометра и твердотельного лазера
• Ethernet-соединение и стандартные отраслевые протоколы связи

Простота обслуживания

MATRIX-F II был разработан для обеспечения надежности и простоты обслуживания. Расходные компоненты на предварительно выровненных креплениях могут быть заменены пользователем без какой-либо перенастройки оптики. Благодаря долговечному источнику света NIR и современному лазерному диоду он значительно сокращает операции по обслуживанию и стоимость владения. Прибор можно быстро обслуживать с минимальным нарушением производственного процесса.

Проверка рабочих характеристик прибора

MATRIX-F II оснащен автоматизированным колесом фильтров, в котором находятся стандартные материалы и фильтры для проверки рабочих характеристик прибора. Программное обеспечение OVP (программа валидации OPUS) выполняет серию тестов производительности, оценивая работу прибора и гарантируя, что прибор работает в соответствии со спецификациями, что является предварительным условием для применения в фармацевтической промышленности.

Возможности подключения

Программное обеспечение CMET предлагает интерфейс промышленного стандарта (OPC), который позволяет OPUS быть интегрируется в любую среду управления технологическим процессом, используя широкий спектр стандартные коммуникационные интерфейсы и протоколы, включая 4-20 мА, Modbus, Profibus DP и OPC.

 

{{else ifCond @root.meta.page.current ‘{{это}} {{/ifCond}} {{/раз}} {{еще}} 1

…

{{math meta.page.current ‘-‘ 1}}

{{meta.page.current}}

{{#ifCond meta.page.current ‘{{math meta.page.current ‘+’ 1}} {{/ifCond}} {{/ifCond}}

{{{название.raw}}} {{#ifCond @root.config.renderMode ‘!==’ ‘ссылка’}} {{#если описание}}

{{#ifCond description.raw.length ‘>

‘ @root.config.descriptionMaxLength }} {{#substring description.raw 0 @root.config.descriptionMaxLength}}{{/substring}}… {{еще}} {{{description. raw}}} {{/ifCond}}

{{/если}} {{/ifCond}}

{{/в соответствии}} {{#*встроенный “noResults”}} Ваш поиск не дал совпадений. Как насчет того, чтобы попробовать что-то еще? {{/в соответствии}} {{#если результаты}}

{{еще}} {{#if termОбязательный }} {{! в случае, если результаты пусты, но поисковый запрос обязателен, вернуться в исходную точку – ничего не отображать вместо уведомления “noResults”}} {{еще}} {{>

безрезультатов}} {{/если}} {{/если}}

PLANdbAffy: база данных аннотаций уровня зонда для экспрессионных микрочипов Affymetrix

Nucleic Acids Res. 2010 январь; 38 (проблема с базой данных): D726–D730.

Опубликовано в Интернете в 2009 г. Nov 11. doi: 10.1093/nar/gkp969

, ^{1, *} , ^{2, 3} , ^{3, 4} , ⁵ and ^{3, 4, 6}

Информация об авторе Примечания к статье Информация об авторских правах и лицензии Заявление об ограничении ответственности

Стандартная технология Affymetrix оценивает экспрессию генов путем измерения интенсивности гибридизации мРНК с помощью панели 25-мерных олигонуклеотидных зондов и суммирования интенсивностей сигналов зондов методом надежного среднего . Однако во многих случаях интенсивность сигнала зонда не коррелирует с экспрессией гена. Это может быть связано с гибридизацией зонда с транскриптом другого гена, картированием зонда с интроном, альтернативным сплайсингом, однонуклеотидным полиморфизмом и другими причинами. Мы разработали базу данных PLANdbAffy (доступна по адресу http://affymetrix2.bioinf.fbb.msu.ru), которая содержит результаты выравнивания последовательностей зондов из пяти экспрессионных микрочипов Affymetrix с геномом человека. Мы определили зонды, соответствующие областям, кодирующим транскрипт, в правильной ориентации. Для каждой такой области выравнивания зонда мы определили последовательности мРНК и EST, которые содержат последовательность зонда. В текстовой части интерфейса базы данных мы суммируем данные о последовательностях, покрывающих область выравнивания зонда и SNP, которые расположены внутри нее. Графическая часть интерфейса нашей базы данных реализована в виде пользовательских треков в браузере генома UCSC, что позволяет использовать все данные, которые предлагает браузер UCSC.

Микрочипы Affymetrix 3′ Gene, а также Exon и Gene широко используются в исследованиях экспрессии генов. Массивы HG-U133A, HG-U133B и HG-U133 Plus 2.0 состоят из наборов зондов, разработанных для каждого аннотированного гена человека. Набор зондов обычно представляет собой набор из 11 25-мерных олигонуклеотидных зондов с небольшим количеством наборов зондов, состоящих из более или менее 11 зондов.

Большинство наборов зондов Human Exon 1. 0 состоят из четырех зондов; эти зонды разработаны для нацеливания на все известные и предсказанные экзоны человека. Чип Human Gene 1.0 основан на данных Human Exon 1.0, объединяющих вместе все высокоэкспрессированные зонды, подтвержденные данными транскриптома для конкретного гена. Таким образом, количество зондов в наборе зондов зависит от длины транскрипта.

Зонды и наборы зондов Affymetrix оставались неизменными в течение последних нескольких лет, но наши знания об их геноме и транскриптомном контексте улучшались с каждой статьей в этой области.

Первая аннотация зондов Affymetrix была предоставлена ​​сотрудниками Affymetrix в базе данных NetAffx (1). Эта база данных содержит информацию о транскриптах, распознаваемых соответствующими наборами зондов, и устраняет проблему отсутствия репрезентативных последовательностей в новых версиях UniGene (2).

Тщательный анализ зондов HG-U133A был проведен Готье и его коллегами (3). Авторы сопоставили последовательности зондов с мРНК RefSeq (4) и обнаружили некоторые расхождения для 64% зондов HG-U133A.

Используя аналогичный подход, Harbig и коллеги (5) показали, что ∼37% зондов массива HG-U133 Plus 2.0 должны быть переопределены, и более 5000 наборов зондов обнаруживают множественные транскрипты. Подобные анализы для разных массивов выражений (6–10) дали аналогичные результаты.

Неспецифическая гибридизация – еще одна большая проблема экспериментов с микрочипами. В нескольких работах показано, что правило, согласно которому проба идеального совпадения имеет высокий уровень сигнала, а проба рассогласования имеет низкий уровень сигнала, во многих случаях не работает (11–13).

В последующей статье (14) Чжан и его коллеги разработали модель молекулярного взаимодействия на коротких массивах олигонуклеотидов и применили ее в своей следующей работе (15). Показано, что значительное количество зондов может давать высокий уровень сигнала за счет неспецифической гибридизации с короткими 10-16-нуклеотидными фрагментами.

Альтернативный сплайсинг — еще один источник непоследовательности в экспериментах с микрочипами. Недавние статьи показали, что до 93% интронсодержащих генов человека подвергаются альтернативному сплайсингу (16,17) и транскрибируется до 90% последовательности генома (18). Дополнительным источником несоответствия является наличие однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в позициях выравнивания зондов.

Существует несколько общедоступных баз данных, содержащих аннотацию данных Affymetrix: официальная NetAffx (1), GeneAnnot (19), ADAPT (20) и X:Map (21).

GeneAnnot и ADAPT выравнивают последовательности зондов с мРНК RefSeq и Ensembl, NetAffx дополнительно рассматривает мРНК GenBank (22) и UniGene (2). Основная проблема общего подхода, используемого этими тремя базами данных, возникает, когда конкретный зонд, помимо исходного положения, распознает еще один транскрибируемый участок, отсутствующий в рассматриваемых последовательностях мРНК. Это приводит к неполной аннотации набора зондов (зондов).

X:Map и представленные здесь базы данных PLANdbAffy устраняют указанный выше недостаток. Авторы X:Map выровняли последовательности зондов с геномом, а также учли EST. К сожалению, X:Map содержит данные только для массивов экзонного уровня, оставляя нераскрытыми другие широко используемые массивы (HG-U133A&B и Human Gene 1.0).

Интерфейс X:Map основан на Google Maps API, охватывающем всю хромосому. Чтобы получить состояние транскрипции EST конкретного зонда, необходимо вычислить EST вручную. Это довольно сложно и становится намного более трудоемким для зондов экзон-соединений и зондов, которые находятся близко к сайтам сплайсинга. Кроме того, база данных X:Map использует только аннотацию генома Ensembl и образцы Ensembl EST, что создает трудности для пользователей, ориентированных на NCBI.

Наша база данных PLANdbAffy учитывает пять широко используемых человеческих микрочипов Affymetrix: HG-U133A, HG-U133B, HG-U133 Plus 2.0, Human Exon 1.0 и Human Gene 1.0. База данных предоставляет пользователю информацию обо всех местах выравнивания отдельных зондов Affymetrix с геномом с учетом выравниваний с не более чем двумя несовпадениями, а также поддерживает каждую область выравнивания зондов всеми известными на сегодняшний день данными транскриптома. В отличие от вышеуказанных баз данных (кроме NetAffx), PLANdbAffy также содержит данные об SNP. Графическая информация о каждой области выравнивания зонда и гене реализована в виде пользовательских дорожек в браузере генома UCSC. После перехода на сайт UCSC становится возможным использовать весь набор данных и инструментов, предоставляемых браузером UCSC.

Источник данных

Файлы, содержащие информацию о микроматрицах Affymetrix, были загружены с официального сайта Affymetrix (http://www.affymetrix.com/products_services/index.affx). Для этого анализа мы выбрали три массива 3′-генов, Affymetrix HG-U133A, HG-U133B и HG-U133 Plus 2.0, и два массива уровней Exon&Gene, Human Gene 1.0 и Human Exon 1.0.

Сборка генома NCBI36 (hg18) была загружена с ftp-сайта UCSC. Также мы загрузили экзон-интронные структуры EST и мРНК (файлы http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/database/all_mrna.txt.gz и all_est.txt.gz), полученные Блатом ( 23) сопоставление соответствующих последовательностей с геномом. Мы использовали аннотацию NCBI последовательностей генома. Refseq (4) и Unigene (2) использовались для присвоения последовательностей мРНК и EST генам.

Мы использовали dbSNP (24) сборки 130 в качестве источника SNP, удобочитаемые текстовые файлы были загружены с ftp-сайта (ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/ASN1_flat/) и проанализировано.

Разработка базы данных

Каждому зонду и набору зондов в пяти рассматриваемых микросхемах был присвоен уникальный идентификатор. Это сделано потому, что некоторые наборы датчиков в разных чипах имеют одинаковые идентификационные номера. Номера Affimetrix также сохранялись и могли использоваться для поиска в базе данных.

Последовательности зондов картировали в геноме с помощью Blat (23). Мы допускали выравнивания с не более чем двумя несовпадениями и требовали интронов длиной 40 и более нуклеотидов для потенциальных зондов экзон-переходов. Найденные совпадения («области выравнивания зондов») сохранялись и подвергались дальнейшему анализу.

Мы отнесли зонд к определенному гену («зонд соответствует гену»), если область выравнивания зонда пересекалась с аннотированной областью гена и имела правильную ориентацию. Мы также учли возможные ошибки в аннотации генов, удлиняя 3′-конец каждого гена на 1000 нуклеотидов.

Мы аннотировали каждую область выравнивания зондов, используя выравнивания мРНК и EST, предоставленные UCSC, с учетом только тех последовательностей, которые присутствовали в UniGene (219 сборок) для соответствующих генов.

Для каждой области выравнивания зонда мы подсчитали количество мРНК и EST, которые либо поддерживают (поля mrna_in, spliced_est_in, unspliced_est_in), либо не поддерживают (поля mrna_out, splliced_est_out) появление области выравнивания зонда в экзоне (см. веб-сайт базы данных для дальнейшего объяснения).

Чтобы представить качество зонда, мы разделили все зонды на четыре класса и присвоили каждому классу свой цвет (). Зеленые зонды (лучшие) — это зонды, отвечающие трем условиям. Во-первых, зонд выравнивается по гену-мишени без несоответствий. Во-вторых, нет совпадений зонда с другими генами. В-третьих, нет идеального выравнивания зонда с некодирующими областями. В отличие от зеленых зондов, желтый зонд идеально соответствует области декодирования. Желтые зонды по-прежнему полностью совпадают с геном-мишенью и не совпадают с другими генами. Красные зонды — это зонды, которые полностью совпадают с геном-мишенью и по крайней мере одно выравнивание с другими генами с не более чем одним несовпадением. Наконец, черный зонд выравнивается с геном-мишенью по крайней мере с одним несовпадением.

Открыть в отдельном окне

Примеры текстового ( A ) и графического ( B ) интерфейса базы данных PLANdbAffy. Текстовый интерфейс базы данных состоит из трех разделов. Первый раздел (пять левых столбцов) содержит исходную информацию о зондах из Affymetrix и статусе зондов (выделены зеленым цветом), второй раздел (6–8-й столбцы) описывает выравнивание зондов, а последний раздел (самые правые пять столбцов) описывает количество EST и мРНК, поддерживающих или не поддерживающих вхождение зонда в экзон (см. раздел «Разработка базы данных»). Пример графического интерфейса был переработан вручную для уменьшения размера изображения.

Удобочитаемые текстовые файлы dbSNP содержат информацию о положении SNP в геноме, ориентации и аллельных вариантах. Мы выбрали SNP, которые были расположены в областях выравнивания зондов, и нанесли их на карту последовательностей зондов.

Интерфейс базы данных

База данных доступна по адресу http://affymetrix2.bioinf.fbb.msu.ru. Текстовые файлы, содержащие информацию о картировании и аннотации хороших (зеленых) зондов, можно загрузить с веб-сайта.

На титульной странице есть несколько полей поиска. Можно либо выполнить поиск в базе данных с помощью идентификатора набора зондов Affymetrix, либо получить все зонды для конкретного гена, используя поля поиска генов. Можно использовать идентификаторы EntrezGene, HUGO и Ensembl, символ гена, слово или фразу в названии гена. Однако следует отметить, что, поскольку наша база данных основана на аннотациях RefSeq, некоторые идентификаторы Ensembl и HUGO могут быть упущены.

При запросе набора зондов или гена можно было увидеть текстовую часть интерфейса базы данных (A). Текстовая часть интерфейса состоит из раздела информации о зонде, раздела выравнивания зонда и раздела состояния транскрипции. Раздел информации о датчике имеет четыре поля, представляющие имя датчика («текст»), положение датчика на чипе («X», «Y», «inter pos») и цветовое представление состояния качества датчика («sts»). ), см. раздел «Разработка баз данных».

Раздел выравнивания датчика содержит информацию о выравнивании датчика и его несоответствиях. Положения SNP в области выравнивания зонда отмечены и подкреплены ссылками на их описания в dbSNP.

Для каждого зонда информация о последовательностях EST и мРНК, которые охватывают область выравнивания зонда, доступна в разделе состояния транскрипции. Объяснение соответствующих полей для зондов экзона и экзон-соединения дано в разделе «Разработка базы данных».

Каждый ген и каждая область выравнивания зонда поддерживаются графической частью интерфейса базы данных. Он организован как пользовательские треки в браузере генома UCSC (B), что позволяет использовать всю информацию, которую предлагает браузер UCSC для соответствующего региона.

Анализ данных

В таблице представлены частоты каждого типа зондов для всех пяти массивов. Среди массивов 3′-генов HG-U133A имеет самую высокую частоту (70%) хороших (зеленых) зондов. Массив HG-U133B имеет ~53% хороших пробников, а массив HG-U133 Plus 2.0, который был разработан в основном путем объединения данных массивов HG-U133A и HG-U133B, расположен между ними и имеет 59% хороших пробников.

Открыть в отдельном окне

Частоты зондов с разным состоянием выравнивания и кросс-гибридизации для всех пяти рассматриваемых массивов Affymetrix. См. определения цветов в тексте.

содержит сводную информацию об аннотации транскриптома для хороших (зеленых) зондов. Зонд помечается как «экзон», если он подтверждается более чем 90% последовательностей мРНК и EST, покрывающих эту область. Он помечается как «интрон», если он подтверждается <10% последовательностей, тогда как зонды, находящиеся между ними, помечаются как «экзон/интрон».

Таблица 1.

Аннотация генома и транскриптома для хороших (зеленых) зондов

	HG-U133A	HG-U133B	HG-U133_Plus2	HuGene	HuEx
Exon	142 427	73 148	236 427	436 548	915 886
Exon/intron	19 567	20 198	50 154	81 189	288 217
Intron	12 374	38 680	70 605	67 619	1 271 110
SNP	19 249	11 380	34 724	70 525	274 208
Total genes	16 480	11 697	23 255	24 010	30 915

Открыть в отдельном окне

Массив HG-U133A содержит наименьшее количество интронных и экзон/интронных зондов (18,3%). Значительно большее количество таких зондов наблюдалось для массивов HG-U133B (44,6%) и HG-U133 Plus 2.0 (33,8%).

Поскольку чип Human Exon 1.0 был разработан для распознавания всех потенциально транскрибируемых сегментов, он содержит наибольшее количество интронных и экзон/интронных зондов (63,0%). Массив Human Gene 1.0 имеет сходный с массивом HG-U133A уровень интронных и экзон/интронных зондов (25,4%). Все пять массивов имеют почти одинаковое количество SNP (8–12%) в области выравнивания зондов хороших (зеленых) зондов.

Аналогичные результаты были описаны в различных исследованиях и базах данных. Чжан и его коллеги (7) показали, что массив HG-U133A содержит 12,1 и 8,0% неспецифических и неправильно направленных зондов соответственно. Сводка базы данных GeneAnnot (19) сообщает, что ∼16% наборов матричных зондов HG-U133A распознают несколько генов. Сводка базы данных ADAPT (20) сообщает о ~23,1% наборов матричных зондов HG-U133 Plus 2.0, которые соответствуют более чем одной расшифровке RefSeq.

Публикация базы данных X:Map (21) содержит подробную статистику для чипа Human Exon 1.0. Авторы наблюдали 9% наборов мультимишеневых зондов и 45% наборов межгенных зондов. Очень похожие значения наблюдались в базе данных PLANdbAffy: 9,1% многоцелевых (красный и желтый) зондов и 45,2% межгенных (черный) зондов. X:Map аннотирует 21 и 23% всех исследованных наборов зондов как экзонные и интронные соответственно, и аналогичные значения наблюдаются в PLANdbAffy ().

База данных может быть использована для интерпретации результатов экспериментов по экспрессии генов, а также для проведения тонкого анализа экспрессии в определенных областях генома. Например, часто бывает так, что разные наборы зондов одного гена демонстрируют совершенно разные значения экспрессии, и непонятно, что верно. Тщательный анализ областей выравнивания геномных зондов может помочь объяснить разницу. Это может быть связано с некоторыми несоответствиями в конструкции микрочипа, зонд может быть выровнен в области сплайсинга гена, наличие SNP в областях выравнивания зонда может вызвать снижение интенсивности сигнала зонда. Напротив, гораздо чаще наблюдаемая перекрестная гибридизация зонда будет увеличивать сигнал зонда.

Страница текстовой сводки PLANdbAffy для определенного набора зондов или гена содержит информацию о транскрипции, кросс-гибридизации и статусе SNP для каждого зонда. С этой страницы можно перейти в браузер UCSC Genome Browser и просмотреть рассматриваемые зонды Affymetrix в качестве пользовательской дорожки. Этот браузер содержит различные аннотации для соответствующих областей генома, например. аннотации картирования и секвенирования, аннотации фенотипов и заболеваний, аннотации генов, белков, мРНК и EST и т. д. Эта информация позволяет проводить качественный анализ результатов микрочипов и может служить хорошей отправной точкой для дополнительных молекулярных исследований.

Мы планируем перенести наши данные из версии генома человека hg18 в версию hg19 и обновлять их два раза в год с помощью новых выравниваний мРНК и EST. Мы также планируем провести этот анализ для массивов экзонов мыши и крысы.

Издательство Оксфордского университета сняло плату за открытый доступ.

Заявление о конфликте интересов . Ни один не заявил.

Авторы благодарят Александра Фаворова и Александра Полякова за ценные технические советы и Михаила Ройтберга за полезное обсуждение.

1. Лю Г., Лорейн А.Е., Шигета Р., Клайн М., Ченг Дж., Валмикам В., Сун С., Кулп Д., Сиани-Роуз М.А. NetAffx: наборы зондов и аннотации Affymetrix. Нуклеиновые Кислоты Res. 2003; 31:82–86. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

2. Sayers EW, Barrett T, Benson DA, Bryant SH, Canese K, Chetvernin V, Church DM, DiCuccio M, Edgar R, Federhen S, et al. Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации. Нуклеиновые Кислоты Res. 2009;37:D5–D15. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

3. Gautier L, Møller M, Friis-Hansen L, Knudsen S. Альтернативное сопоставление зондов с генами для чипов Affymetrix. Биоинформатика BMC. 2004; 5:111. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

4. Pruitt KD, Tatusova T, Klimke W, Maglott DR. Справочные последовательности NCBI: текущий статус, политика и новые инициативы. Нуклеиновые Кислоты Res. 2009;37:D32–D36. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

5. Harbig J, Sprinkle R, Enkemann SA. Основанная на последовательности идентификация генов, обнаруженных наборами зондов на массиве Affymetrix U133 plus 2.0. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005;33:e31. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

6. Дай М., Ван П., Бойд А.Д., Костов Г., Ати Б., Джонс Э.Г., Банни В.Е., Майерс Р.М., Спид Т.П., Акил Х. и др. Развитие определений генов/транскриптов значительно меняет интерпретацию данных GeneChip. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005;33:e175. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

7. Zhang J, Finney RP, Clifford RJ, Derr LK, Buetow KH. Обнаружение ложных сигналов экспрессии в массивах олигонуклеотидов высокой плотности с помощью подхода in silico. Геномика. 2005; 85: 297–308. [PubMed] [Академия Google]

8. Оконевский М.Дж., Миллер С.Дж. Взаимодействия гибридизации между наборами зондов в коротких олигомикрочипах приводят к ложным корреляциям. Биоинформатика BMC. 2006; 7:276. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

9. Yu H, Wang F, Tu K, Xie L, Li YY, Li YX. Аннотации наборов зондов Affymetrix на уровне транскриптов улучшают интерпретацию данных экспрессии генов. Биоинформатика BMC. 2007; 8:194. [PMC free article] [PubMed] [Google Scholar]

10. Орлов Ю.Л., Чжоу Дж., Липович Л., Шахаб А., Кузнецов В.А. Оценка качества наборов зондов Affymetrix U133A&B путем картирования целевой последовательности и анализа данных экспрессии. В Силико Биол. 2007; 7: 241–260. [PubMed] [Академия Google]

11. Лемон В.Дж., Палатини Дж.Дж., Крахе Р., Райт Ф.А. Теоретическое и экспериментальное сравнение индексов экспрессии генов для олигонуклеотидных массивов. Биоинформатика. 2002; 18:1470–1476. [PubMed] [Google Scholar]

12. Zhou Y, Abagyan R. Алгоритм интегрального распределения только для сопоставления (MOID) для анализа массива олигонуклеотидов высокой плотности. Биоинформатика BMC. 2002; 3:3. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

13. Irizarry RA, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed ​​TP. Исследование, нормализация и обобщение данных уровня зонда массива олигонуклеотидов высокой плотности. Биостатистика. 2003;4:249–264. [PubMed] [Google Scholar]

14. Zhang L, Miles MF, Aldape KD. Модель молекулярных взаимодействий на коротких олигонуклеотидных микрочипах. Нац биотехнолог. 2003; 21: 818–821. [PubMed] [Google Scholar]

15. Wu C, Carta R, Zhang L. Зависимость перекрестной гибридизации от последовательности на коротких олигомикрочипах. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005;33:e84. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

16. Wang ET, Sandberg R, Luo S, Khrebtukova I, Zhang L, Mayr C, Kingsmore SF, Schroth GP, Burge CB. Альтернативная регуляция изоформ в транскриптомах тканей человека. Природа. 2008; 456: 470–476. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

17. Пан К., Шай О., Ли Л.Дж., Фрей Б.Дж., Бленкоу Б.Дж. Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга в транскриптоме человека с помощью высокопроизводительного секвенирования. Нат Жене. 2008;40:1413–1415. [PubMed] [Google Scholar]

18. Джонсон Дж.М., Эдвардс С., Шумейкер Д., Шадт Э.Е. Темная материя в геноме: свидетельство широко распространенной транскрипции, обнаруженное в экспериментах по мозаике микрочипов. Тенденции Жене. 2005; 21:93–102. [PubMed] [Google Scholar]

19. Chalifa-Caspi V, Yanai I, Ophir R, Rosen N, Shmoish M, Benjamin-Rodrig H, Shklar M, Stein TI, Shmueli O, Safran M, et al. GeneAnnot: всесторонняя двусторонняя связь между наборами зондов олигонуклеотидного массива и генами GeneCards. Биоинформатика. 2004; 20:1457–1458. [PubMed] [Академия Google]

20. Леонг Х.С., Йейтс Т., Уилсон С., Миллер С.Дж. ADAPT: база данных наборов зондов и транскриптов affymetrix. Биоинформатика. 2005;21:2552–2553. [PubMed] [Google Scholar]

21. Yates T, Okoniewski MJ, Miller CJ.