Цукерова балка: Яндекс Карты — подробная карта мира

Содержание

Хутор Цукерова Балка

Ищите лучшие цены для групп от 10 человек или 5 номеров?

Отправьте заявку сразу в несколько гостиниц, чтобы получить наилучшие предложения.

Используйте наш сервис

Хутор Цукерова Балка расположен в Кущёвском районе Краснодарского края.

Из архива panoramio . Права на фотографию принадлежат их владельцам

Цукерова Балка в Википедии

Цу́керова Ба́лка — хутор в Кущёвском районе Краснодарского края. Входит в состав Красносельского сельского поселения. Расположен в северной части Приазово-Кубанской равнины. Цукерова Балка находится на территории Кущёвского района на границе Краснодарского края и Ростовской области. Когда-то этот уголок Цукеровой Балки был местом духовного спокойствия, и не случайно пять десятилетий назад здесь открыли краевую психиатрическую больницу. А до этого в здании располагался монастырь в честь Николая Угодника. Инициатором строительства стала семья Веры Авксентьевны Филь и её сыновей.

Инициативу одобрили и началось строительство, указ о котором вышел 28 января 1908 г. (покровителем и отцом был архиепископ Владимир Донской), а также возведение церкви и школы.

Подробнее

Ближайшие населенные пункты недалеко от Цукеровой Балки

Все населенные пункты Краснодарского края

Гостиницы в ближайших населенных пунктах

Все гостиницы Краснодарского края

Фотографии Цукеровой Балки

Добавить фото

Были в Цукеровой Балке и сделали снимки города и интересных мест? Разместите их! Многие посетители нашего сайта делают фото в своих поездках. Публикуйте свои фото из Цукеровой Балки и из других городов! Отмечайте если Вы тоже видели эти места! Теперь появилась возможность добавления с мобильной версии сайта, что намного облегчает перенос фото из со смартфонов на сайт!

Сувениры из Цукеровой Балки

Добавить Сувенир

Были в Цукеровой Балки и привезли сувениры? Покажите их всем! Магнитики на холодильник, тарелки, вымпелы, кружки и все что Вы привозите с собой из командировок и поездок в Цукерову Балку! Размещайте и отмечайте если у вас уже есть такие ! Разместите их фото! С мобильной версии сайта это сделать намного проще и перенос фото магнитиков из Цукеровой Балки со смартфонов на сайт будет удобнее!

Последние отзывы о Цукеровой Балке

Добавить отзыв

Уважаемые посетители сайта Командировка.

ру!
Пока нет ни одного отзыва Напишите отзыв!

Последние вопросы о хуторе

Добавить вопрос

Если у Вас есть вопросы по данному населенному пункту или Вы ищете людей из хутораЦукеровой Балки, проживающих в нем, Вы можете задать задать соответсвующий вопрос. Надеемся, что наши пользователи помогут Вам с ответами.

Открытая информация из ЕГРН о каждой квартире России

[77 регион] Москва

[78 регион] Санкт-Петербург

[22 регион] Барнаул

[25 регион] Владивосток

[34 регион] Волгоград

[66 регион] Екатеринбург

[38 регион] Иркутск

[16 регион] Казань

[42 регион]

Кемерово

[23 регион] Краснодар

[24 регион] Красноярск

[23 регион] Сочи

[52 регион] Нижний Новгород

[42 регион] Новокузнецк

[54 регион] Новосибирск

[55 регион] Омск

[59 регион] Пермь

[61 регион] Ростов-на-Дону

[63 регион] Самара

[86 регион] Сургут

[70 регион] Томск

[72 регион] Тюмень

[02 регион] Уфа

[27 регион] Хабаровск

[74 регион] Челябинск

[01 регион] Адыгея

[04 регион] Алтай

[22 регион] Алтайский край

[28 регион] Амурская область

[29 регион] Архангельская область

[30 регион] Астраханская область

[94 регион] Байконур

[02 регион] Башкортостан

[31 регион] Белгородская область

[32 регион] Брянская область

[03 регион] Бурятия

[33 регион] Владимирская область

[34 регион] Волгоградская область

[35 регион] Вологодская область

[36 регион] Воронежская область

[05 регион] Дагестан

[79 регион] Еврейская автономная область

[75 регион] Забайкальский край

[37 регион] Ивановская область

[06 регион] Ингушетия

[38 регион] Иркутская область

[07 регион] Кабардино-Балкария

[39 регион] Калининградская область

[08 регион] Калмыкия

[40 регион] Калужская область

[41 регион] Камчатский край

[09 регион] Карачаево-Черкесия

[10 регион] Карелия

[42 регион] Кемеровская область

[43 регион] Кировская область

[11 регион] Коми

[44 регион] Костромская область

[23 регион] Краснодарский край

[24 регион] Красноярский край

[91 регион] Крым

[45 регион] Курганская область

[46 регион] Курская область

[47 регион] Ленинградская область

[48 регион] Липецкая область

[49 регион] Магаданская область

[12 регион] Марий Эл

[13 регион] Мордовия

[50 регион] Московская область

[51 регион] Мурманская область

[83 регион] Ненецкий автономный округ

[52 регион] Нижегородская область

[53 регион] Новгородская область

[54 регион] Новосибирская область

[55 регион] Омская область

[56 регион] Оренбургская область

[57 регион] Орловская область

[58 регион] Пензенская область

[59 регион] Пермский край

[25 регион] Приморский край

[60 регион] Псковская область

[61 регион] Ростовская область

[62 регион] Рязанская область

[63 регион] Самарская область

[64 регион] Саратовская область

[14 регион] Якутия

[65 регион] Сахалинская область

[66 регион] Свердловская область

[92 регион] Севастополь

[15 регион] Северная Осетия

[67 регион] Смоленская область

[26 регион] Ставропольский край

[68 регион] Тамбовская область

[16 регион] Татарстан

[69 регион] Тверская область

[70 регион] Томская область

[71 регион] Тульская область

[17 регион] Тыва

[72 регион] Тюменская область

[18 регион] Удмуртия

[73 регион] Ульяновская область

[27 регион] Хабаровский край

[19 регион] Хакасия

[86 регион] Ханты-Мансийский АО

[74 регион] Челябинская область

[20 регион] Чечня

[21 регион] Чувашия

[87 регион] Чукотский автономный округ

[89 регион] Ямало-Ненецкий АО

[76 регион] Ярославская область

LinearFold · PyPI

Эта кодовая база заменяет устаревшую версию: https://github. com/abentu0101/LinearFold. В этой версии исправлено множество ошибок и проблем дизайна в старой версии.

Этот репозиторий содержит исходный код C++ для проекта LinearFold, первого алгоритма/программного обеспечения линейного прогнозирования для вторичных структур РНК.

LinearFold: приближенный к линейному времени фолдинг РНК с помощью динамического программирования 5’-to-3’ и поиска луча. Биоинформатика, том 35, выпуск 14, июль 2019 г., Страницы i295–i304. ISMB 2019

Лян Хуан*, Хе Чжан**, Дэчжун Дэн**, Кай Чжао, Кайбо Лю, Дэвид Хендрикс, Дэвид Мэтьюз

* автор-корреспондент

** в равной степени

Веб-сервер: http://linearfold .org

Зависимости

GCC 4.8.5 или выше; python2.7

для компиляции

 сделать

Для запуска

Анализатор LinearFold можно запустить с помощью:

 echo SEQUENCE | ./linearfold [ВАРИАНТЫ]
ИЛИ
кошка SEQ_OR_FASTA_FILE | ./linearfold [ВАРИАНТЫ]

Для ввода поддерживаются как формат FASTA, так и формат чистой последовательности.

Запустить как модуль Python, доступный через pypi/pip

Для установки:

 pip install LinearFold

Для импорта и использования в другом коде Python:

 импортировать LinearFold как lf
print(lf.fold('UGAGUUCUCGAUCUCUAAAAUCG'))

На выходе кортеж, содержащий предсказанную структуру и mfe:

 ['.(((........)))........', -1.8]

ВАРИАНТЫ:

 -b BEAM_SIZE

Размер луча (по умолчанию 100). Используйте 0 для бесконечного луча.

-В

Переключает LinearFold-C (по умолчанию) на LinearFold-V.

 --подробный

Выводит энергию каждой петли в конструкции. (по умолчанию False)

 --sharpturn

Включить резкий поворот в предсказании. (по умолчанию Ложь)

 --eval

Включить режим оценки, в котором можно рассчитать свободную энергию для заданной структуры последовательности. (по умолчанию False)

 --constraints

Включить добавление определенных ограничений в прогноз (по умолчанию False). Ограничивающая последовательность должна иметь ту же длину, что и последовательность РНК. “? . ( )” указывает позицию, для которой правильное соответствие неизвестно, непарная, левая или правая скобка соответственно. Скобки должны быть сбалансированы и не пересекаться.

 --зукер

вывод субоптимальных структур Zuker, (DEFAULT=FALSE)

 --delta

вычисление субоптимальных структур по Цукеру с оценками или энергиями (-V, ккал/моль) в десятикратном диапазоне от оптимального, (ПО УМОЛЧАНИЮ = 5,0)

 --shape <имя файла>

использовать данные о реактивности SHAPE для прогнозирования структуры
Пожалуйста, обратитесь к этой ссылке для формата данных SHAPE: https://rna.urmc.rochester.edu/Text/File_Formats.html#SHAPE

Для визуализации

LinearFold может визуализировать структуру с помощью кругового графика.

Чтобы нарисовать круг, выполните команду:

 cat TARGET_FILE | ./draw_circular_plot

TARGET_FILE содержит одну последовательность и ее структуру; см. в качестве примера файл “ecoli_tRNA”.

Пример Run Predict

 cat testseq | ./линейная кратность
УГАГУУКГАУКУКУАААУКГ
...................... (-0,22)
AAAACGGUCCUUAUCAGGACCAAACA
.....(((((((....))))))..... (4.91)
АУУКУУГКУУКААКАГУГУУУГААКГГААУ
.............................. (-0,29)
UCGGCCACAAACACACAAUCUACUGUUGGUCGA
((((((((.....................))))))) (0,99)
ГУУУУУАУКУУАКАКАКГКУУГУГУАГАУАГУУА
.....(((((((((((....))))))))))).... (6.66)
эхо GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA | ./linearfold -V -b 20
GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA
((((((((..((((.......))))(((((((((...)))))))).(((((. ......)))))))))))).... (-31.50)

Пример запуска прогноза с ограничениями

 cat testcons | ./linearfold --ограничения
AACUCCGCCAGGCCUGGAAGGGAGCAACGGUAGUGACACUCUCUGUGUGCGUAGGUUGCCUAGCUACCAUUU
??(???(??????)?(?????????)???(??????(?????????)?)???? ??????) ????.?????????????
..(.(((......)((........))(((. .....(.......).))).. ...))..)............. (-27,33)
GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCGCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC
??(??(???(??????)???????????????(????)???(????????? ???(??(????.)????????????(??????)?)??????)???????????? ??)?????????) ??
((((((((..(......).........(((...(....)...((....(((( ...(..(.....).........(......).)....))))).)))...... .))))......))) (-44.00)
echo -e "GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU\n??????????????????(??????????????????)" | ./linearfold --ограничения
GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU
??????????????????(??????????????????)
.................(................) (-8,85)
echo -e "GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU\n??????????????????(??????????????????)" | ./linearfold --constraints -V
GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU
??????????????????(??????????????????)
.....(((.......)))(.....((....))...) (3,70)

Пример Выполнить прогнозирование и вывод неоптимальных структур

 echo GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC | . /linearfold -V --zuker --delta 2.0
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-35.50)
Субоптимальные структуры Цукера...
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-35.50)
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((.((......((((....))))......)). )))..))))))))) (-35.40)
((((((((((.....((((((((....(((....(((...........))) ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-34,90)
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((.((..(..(((((....)))))..)..)). )))..))))))))) (-34.70)
((((((((((((.....(((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))(((((........)))))................. ))))...)))))))) (-34.50)
((((((((((((.....(((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))((((((........)))))..(((......))).... ))))...)))))))) (-34.40)
((((((((((. ......((((((....(((.(((((.......))..))). ..)))...))))))(((((........)))))((((..(........).. )))).)))))))))))) (-34.20)
((((((((((((...(((((((((....(((.(((((...........))..))). ..)))...)))))((((((........)))))).....)))......... ))))...)))))))) (-34.00)
((((((((((((...(((((((((....(((.(((((...........))..))). ..)))...))))))(((((........)))))...............)). ))))...))))))) (-33,90)
((((((((((.....((((((((.(((..((..(((.......)))..)). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-33.70)
((((((((((.....((((((((....(((.........(((......))) ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-33.70)
((((((((((.......((((((....(((.(((((.......))..))). ..)))...))))))(((((........))))).....((......... ))...))))))))) (-33,60)

Пример Выполнить предсказание структуры с помощью SHAPE

 echo GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC | ./linearfold -V --shape пример.shape
GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCGCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC
((((((. .......(((((((((.(((............(((......))) ..)))...))))).)))..(((((((..(((...(((......))).))) .)))))))))))))))) (-66.30)

Пример Run Eval

 cat testeval | ./linearfold --eval
УГАГУУКГАУКУКУАААУКГ
.(((........)))........ (-1,80)
AAAACGGUCCUUAUCAGGACCAAACA
.....(((((((....))))))..... (-9.30)
АУУКУУГКУУКААКАГУГУУУГААКГГААУ
(((((...((((((......))))).))))) (-6,80)
UCGGCCACAAACACACAAUCUACUGUUGGUCGA
((((((((((.............))).))))) (-7,80)
ГУУУУУАУКУУАКАКАКГКУУГУГУАГАУАГУУА
....((((((((((((....))))))))))))... (-13.00)
echo -e "GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA\n(((((((..(((((.......))))(((((((((...)))))))))))) .(((((......))))))))))))....\n" | ./linearfold --eval --verbose
Шпилька петля ( 13, 21) CG : 4,50
Внутренняя петля (12, 22) UA; ( 13, 21) ЦТ : -2.40
Внутренние петли (11, 23) АС; ( 12, 22) UA : -1.10
Внутренняя петля (10, 24) ГК; ( 11, 23) AU : -2.40
Шпилька петля ( 32, 36) UA : 5.90
Внутренняя петля (31, 37) UA; ( 32, 36) UA : -0,90
Внутренняя петля ( 30, 38) ЗС; ( 31, 37) UA : -2. 10
Внутренняя петля ( 29, 39) ЗС; ( 30, 38) ЦТ : -3.30
Внутренняя петля (28, 40) UA; ( 29, 39) ЦТ : -2.40
Внутренние петли (27, 41) UA; ( 28, 40) UA : -0,90
Внутренняя петля ( 26, 42) ЗС; ( 27, 41) UA : -2.10
Внутренняя петля (25, 43) ГК; ( 26, 42) ЦТ : -3.40
Петля шпильки (49, 57) ГК: 4,40
Внутренняя петля (48, 58) ГК; ( 49, 57) ГК : -3.30
Внутренняя петля (47, 59) ГК; ( 48, 58) ГК : -3.30
Внутренняя петля (46, 60) UA; ( 47, 59) ГК : -2,10
Внутренняя петля ( 45, 61) ЗС; ( 46, 60) UA : -2.10
Многократная петля (7, 62) ГК: 1,40
Внутренняя петля (6, 63) в.т.; ( 7, 62) ГК : -2,40
Внутренняя петля (5, 64) UA; ( 6, 63) ЦТ : -2.40
Внутренняя петля (4, 65) в.т.; ( 5, 64) UA : -2.10
Внутренняя петля (3, 66) ГУ; ( 4, 65) ЦТ : -2.50
Внутренняя петля (2, 67) ГК; ( 3, 66) ГУ : -1,50
Внутренняя петля (1, 68) ГК; ( 2, 67) ГК : -3.30
Внешний контур: -1,70
GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA
((((((((..((((.......))))(((((((((...)))))))).(((((. ......))))))))))))....  (-31.50)

Пример: Нарисуйте круговую диаграмму

 cat ecoli_tRNA | ./draw_circular_plot

LinearFold/linearfold на мастере · LinearFold/LinearFold · GitHub

	#!/usr/bin/env python3

	импортировать gflags как флаги
	подпроцесс импорта
	система импорта
	импорт ОС

	ФЛАГИ = флаги.ФЛАГИ

	по умолчанию setgflags():
	flags. DEFINE_integer(‘размер луча’, 100, “установить размер луча”, short_name=’b’)
	flags.DEFINE_boolean(‘Вена’, False, “использовать параметры вены”, short_name=’V’)
	flags.DEFINE_boolean(‘резкий поворот’, False, “включить резкий поворот в предсказании”)
	flags.DEFINE_boolean(‘подробный’, False, “распечатать энергию каждого цикла в структуре”, short_name=’v’)
	flags.DEFINE_boolean(‘eval’, False, “вывести энергию заданной структуры”) # добавление режима оценки
	flags.DEFINE_boolean(‘constraints’, False, “вывести энергию заданной структуры”) # добавление режима оценки
	flags.DEFINE_boolean(‘zuker’, False, “выводить субоптимальные структуры Zuker”)
	flags. DEFINE_float(‘delta’, 5.0, “вычисление субоптимальных структур по Цукеру с оценками или энергиями (-V, ккал/моль) в стократном диапазоне от оптимального”)
	flags.DEFINE_string(‘shape’, ”, “укажите имя файла, содержащего данные о реактивности SHAPE (ПО УМОЛЧАНИЮ: не использовать данные SHAPE)”) # SHAPE
	flags.DEFINE_boolean(‘fasta’, False, “ввод в формате fasta”) # Формат FASTA
	flags.DEFINE_integer(‘dangles’, 2, “способ обработки энергий ‘висячих концов’ для оснований, прилегающих к спиралям в свободных концах и мультипетлях (поддерживается только ‘0’ или ‘2’, по умолчанию = `2′) “, короткое_имя=”д”)
	argv = ФЛАГИ (sys.argv)

	по умолчанию main():
	use_vienna = ФЛАГИ. V
	размер луча = str(FLAGS.b)
	is_sharpturn = ‘1’, если FLAGS.sharpturn иначе ‘0’
	is_verbose = ‘1’, если FLAGS.verbose еще ‘0’
	is_eval = ‘1’, если FLAGS.eval иначе ‘0’
	is_constraints = ‘1’, если FLAGS.constraints еще ‘0’
	zuker_subopt = ‘1’, если FLAGS.zuker иначе ‘0’
	дельта = ул(ФЛАГИ.дельта)
	shape_file_path = str(FLAGS.shape)
	is_fasta = ‘1’, если FLAGS.fasta еще ‘0’
	, если FLAGS. Навигация по записям Алмаг 001 отзывы: Магнитотерапевтический аппарат Еламед Алмаг-01 \| отзывы U0402 ошибка: Ошибка U0402 описание на русском языке dtc Добавить комментарий Отменить ответ Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены * Комментарий * Имя * Email * Сайт Найти: Рубрики Ecosport Explorer Fiesta Focus Kuga Разное Советы Советы мастера 2019 © Все права защищены. Карта сайта