Цукерова балка 2019 кто ездил: За рулём взорванного на Крымском мосту грузовика мог сидеть дядя его владельца

Погода в Цукеровой Балке на неделю (Кущёвский район, Краснодарский край)

В 09:00 на метеостанции «Таганрог» (~75 км) было 0°C, облачно, небо без изменений, прошел снег, ветер юго-западный 2 м/с. Атмосферное давление на уровне станции 758 мм рт.ст, влажность воздуха 95%.

Сегодня в Цукеровой Балке ожидается +4°..+6°, пасмурно, без осадков. Ночью 0°..−2°. Ветер западный 5 м/с. Давление 758 мм рт.ст. Завтра +2°..+4°, пасмурно, без осадков. Ветер северо-восточный 4 м/с. Давление 760 мм рт.ст.

Сегодня, Суббота, 4 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
День	День+5°		пасмурнобез осадков	ст.”>758	55%	ЗЮЗ, 5м/с
Вечер	Вечер0°		малооблачнобез осадков	759	79%	СЗ, 2м/с

Завтра, Воскресенье, 5 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−1°		облачно с прояснениямибез осадков	ст.”>760	78%	СВ, 2м/с
Утро	Утро−1°		значительная облачностьбез осадков	760	76%	ВСВ, 3м/с
День	День+3°		пасмурнобез осадков	760	56%	СВ, 4м/с
Вечер	Вечер−1°		пасмурнобез осадков	ст.”>761	86%	СВ, 5м/с, порывы 10

Понедельник, 6 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−1°		пасмурнобез осадков	760	89%	СВ, 6м/с
Утро	Утро−1°		значительная облачностьбез осадков	ст.”>761	85%	СВ, 6м/с, порывы 11
День	День+2°		значительная облачностьбез осадков	761	67%	СВ, 8м/с, порывы 10
Вечер	Вечер−2°		пасмурнонебольшой снег	762	87%	СВ, 8м/с, порывы 13

Вторник, 7 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−3°		пасмурнонебольшой снег	ст.”>762	80%	СВ, 9м/с, порывы 14
День	День−1°		пасмурнобез осадков	764	62%	СВ, 9м/с, порывы 15

Среда, 8 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−5°		пасмурнобез осадков	ст.”>770	68%	СВ, 8м/с, порывы 16
День	День−1°		переменная облачностьбез осадков	774	50%	СВ, 9м/с, порывы 11

Четверг, 9 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−6°		малооблачнобез осадков	ст.”>778	73%	СВ, 4м/с
День	День−1°		облачно с прояснениямибез осадков	777	47%	ССВ, 4м/с

Пятница, 10 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−3°		малооблачнобез осадков	ст.”>778	82%	ССВ, 2м/с
День	День+3°		небольшая облачностьбез осадков	777	53%	ССЗ, 3м/с

Суббота, 11 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−1°		яснобез осадков	ст.”>777	81%	ССВ, 1м/с
День	День+6°		яснобез осадков	775	54%	ВСВ, 3м/с

Воскресенье, 12 Февраля

	t°C		Погода	Давл	Влж	Ветер
Ночь	Ночь−1°		яснобез осадков	ст.”>773	83%	СВ, 3м/с

Прогноз погоды в Цукеровой Балке на неделю (

) расчитан по собственному алгоритму на основе данных Всеобщей Системы Прогнозирования. Обновление происходит 4 раза в сутки. Географические координаты: 46.77, 39.66. Местное время 10:38

со стартапом, пионер биотехнологий Том Маниатис надеется снова зажечь сцену Нью-Йорка

10 декабря 2015 г.

Xconomy Нью-Йорк — 

Когда пионер молекулярной биологии Том Маниатис шесть лет назад перебрался из Гарвардского университета в Нью-Йорк, он нацелился на создание того же предпринимательского духа, с которым он познакомился в Кембридже, штат Массачусетс.

За много лет до переезда в Нью-Йорк он помогал основать Институт генетики, одну из первых компаний-первопроходцев в биотехнологической отрасли. Справедливости ради стоит сказать, что ни одна часть любого из пяти районов не похожа на Кендалл-сквер, центр биотехнологий Кембриджа, но Маниатис уже оставил свой след.

Он участвовал в масштабных общегородских усилиях по строительству Нью-Йоркского центра генома, ответа «Большого яблока» на большую лабораторию генетического секвенирования Кембриджа, Институт Броуда Массачусетского технологического института и Гарварда. Теперь Маниатис (на фото выше) стал соучредителем новой компании Kallyope, которую поддерживают три лауреата Нобелевской премии, и за последнее время получил один из крупнейших раундов финансирования серии A для нью-йоркской биотехнологической компании.

Для сравнения: $44 млн, привлеченных Kallyope, хотя и велики для первоначального раунда биотехнологий, далеко не самые большие в этом секторе. Только в этом году стартапы Denali Therapeutics и Gritstone Oncology из района залива Сан-Франциско собрали девять цифр в долларах серии A. В Бостоне Third Rock Ventures часто запускает такие компании, как Neon Therapeutics и Decibel Therapeutics, с обязательствами в размере около 50 миллионов долларов.

Что действительно необычно в Kallyope (произносится Kahl-EE-oh-pay), так это то, что она была основана в Нью-Йорке. Стартап расположен в Александрийском центре наук о жизни на восточной стороне Манхэттена. По словам генерального директора Нэнси Торнберри, ветерана-охотника за наркотиками, проработавшего в Merck три десятилетия, стартап занимает большую часть десятого этажа. Этого места достаточно, чтобы реализовать планы Kallyope утроить штат из восьми сотрудников к следующему году, а затем пойти еще дальше.

Наука, стоящая за Каллиопой, тоже из Нью-Йорка. Стартап стремится исследовать биологию, связывающую мозг и кишечник, и разрабатывать как медицинские, так и потребительские товары.

Все это основано на научной работе трех профессоров Колумбийского университета и хороших друзей: лауреата премии Ласкера Маниатиса, лауреата Нобелевской премии Ричарда Акселя и Чарльза Цукера. Аксель и Цукер широко известны своими важными исследованиями в области понимания нашего обоняния и вкуса.

«[Мы] разговариваем каждый день, у нас общие студенты и постдоки, поэтому мы очень тесно взаимодействуем», — говорит Маниатис. «Эта компания просачивается уже два года, и эти два года действительно были необходимы для выполнения этого плана».

Нью-йоркская биотехнологическая венчурная фирма Lux Capital создала Kallyope, и трое ученых-основателей собрали синдикат сторонников из трех других крупных биотехнологических центров США — Бостона (Polaris Partners), Сан-Франциско (The Column Group), и Сан-Диего (Иллюмина).

Инвестиционное подразделение домовладельца Каллиоп, Alexandria Real Estate Equities, и давний венчурный капиталист Venrock Тони Эвнин также поддерживают Каллиоп.

Одной из причин, по которой компании нужны такие большие первоначальные вливания наличных денег, являются ее амбиции. Его ученые будут углубляться в немалое количество биологических загадок, чтобы понять, что известно как «кишечно-мозговая ось», своего рода информационная супермагистраль между клетками нашего кишечника и центральной нервной системой.

Его коммерческие амбиции тоже довольно велики, по крайней мере, на данный момент: разрабатывать лекарства от широкого спектра заболеваний, а также потребительские товары.

Такие стартапы, как Kallyope, нечасто встречаются в биотехнологических компаниях Нью-Йорка. Как я писал ранее в этом году, когда Rgenix, дочерняя компания Рокфеллеровского университета, привлекла в августе 8 миллионов долларов, она была одной из трех биотехнологических компаний в городе, получивших в 2015 году частный раунд такого или большего размера. В лаборатории не так много места. , проблема, которая до сих пор не решена, и на данный момент в городе есть всего несколько инкубаторов, которые помогают стартапам встать на ноги.

Президент Рокфеллера Марк Тессье-Лавин, не связанный с Каллиопой, говорит, что … Следующая страница »

Одна страницаВ настоящее время на странице: 1 2

LinearFold · PyPI

Эта кодовая база заменяет устаревшую версию: https://github.com/abentu0101/LinearFold. В этой версии исправлено множество ошибок и проблем дизайна в старой версии.

Этот репозиторий содержит исходный код C++ для проекта LinearFold, первого алгоритма/программного обеспечения линейного прогнозирования для вторичных структур РНК.

LinearFold: приближенный к линейному времени фолдинг РНК с помощью динамического программирования 5’-to-3’ и поиска луча. Биоинформатика, том 35, выпуск 14, июль 2019 г., Страницы i295–i304. ISMB 2019

Лян Хуан*, Хе Чжан**, Дэчжун Дэн**, Кай Чжао, Кайбо Лю, Дэвид Хендрикс, Дэвид Мэтьюз

* автор-корреспондент

** в равной степени

Веб-сервер: http://linearfold .org

Зависимости

GCC 4.8.5 или выше; python2.7

для компиляции

 сделать
 

Для запуска

Парсер LinearFold можно запустить с помощью:

 echo SEQUENCE | ./linearfold [ВАРИАНТЫ]
ИЛИ
кот SEQ_OR_FASTA_FILE | ./linearfold [ВАРИАНТЫ]
 

Для ввода поддерживаются как формат FASTA, так и формат чистой последовательности.

ВАРИАНТЫ:

 -b BEAM_SIZE
 

Размер луча (по умолчанию 100). Используйте 0 для бесконечного луча.

 -В
 

Переключает LinearFold-C (по умолчанию) на LinearFold-V.

 --подробный
 

Выводит энергию каждой петли в конструкции. (по умолчанию False)

 --sharpturn
 

Включить резкий поворот в предсказании. (по умолчанию Ложь)

 --eval
 

Включить режим оценки, в котором можно рассчитать свободную энергию для заданной структуры последовательности. (по умолчанию Ложь)

 --ограничения
 

Включить добавление конкретных ограничений в прогноз (по умолчанию False). Ограничивающая последовательность должна иметь ту же длину, что и последовательность РНК. “? . ( )” указывает позицию, для которой правильное соответствие неизвестно, непарная, левая или правая скобка соответственно. Скобки должны быть сбалансированы и не пересекаться.

 --зукер
 

вывод субоптимальных структур Zuker, (DEFAULT=FALSE)

 --delta
 

вычисление субоптимальных структур по Цукеру с оценками или энергиями (-V, ккал/моль) в десятикратном диапазоне от оптимального (ПО УМОЛЧАНИЮ = 5,0)

 --shape <имя файла>
 

использовать данные о реактивности SHAPE для прогнозирования структуры
Пожалуйста, перейдите по этой ссылке для получения информации о формате данных SHAPE: https://rna. urmc.rochester.edu/Text/File_Formats.html#SHAPE

Для визуализации

LinearFold может визуализировать структуру с помощью кругового графика.

Чтобы нарисовать круг, выполните команду:

 cat TARGET_FILE | ./draw_circular_plot
 

TARGET_FILE содержит одну последовательность и ее структуру; см. в качестве примера файл “ecoli_tRNA”.

Пример Run Predict

 cat testseq | ./линейная кратность
УГАГУУКГАУКУКУАААУКГ
...................... (-0,22)
AAAACGGUCCUUAUCAGGACCAAACA
.....(((((((....))))))..... (4.91)
АУУКУУГКУУКААКАГУГУУУГААКГГААУ
.............................. (-0,29)
UCGGCCACAAACACACAAUCUACUGUUGGUCGA
((((((((.....................))))))) (0,99)
ГУУУУУАУКУУАКАКАКГКУУГУГУАГАУАГУУА
.....(((((((((((....))))))))))).... (6.66)
эхо GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA | ./linearfold -V -b 20
GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA
((((((((..((((.......))))(((((((((...)))))))). (((((. ......)))))))))))).... (-31.50)
 

Пример запуска прогноза с ограничениями

 cat testcons | ./linearfold --ограничения
AACUCCGCCAGGCCUGGAAGGGAGCAACGGUAGUGACACUCUCUGUGUGCGUAGGUUGCCUAGCUACCAUUU
??(???(??????)?(?????????)???(??????(?????????)?)???? ??????) ????.?????????????
..(.(((......)((........))(((......(.......).))).. ...))..)............. (-27,33)
GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCGCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC
??(??(???(??????)???????????????(????)???(????????? ???(??(????.)????????????(??????)?)??????)???????????? ??)?????????) ??
((((((((..(......).........(((...(....)...((....(((( ...(..(.....).........(......).)....))))).)))...... .))))......))) (-44.00)
echo -e "GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU\n??????????????????(??????????????????)" | ./linearfold --ограничения
GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU
??????????????????(??????????????????)
.................(................) (-8,85)
echo -e "GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU\n??????????????????(??????????????????)" | .
  /linearfold --constraints -V
GAACCCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGU
??????????????????(??????????????????)
.....(((.......)))(.....((....))...) (3,70)
 

Пример Выполнить прогнозирование и вывод неоптимальных структур

 echo GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC | ./linearfold -V --zuker --delta 2.0
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-35.50)
Субоптимальные структуры Цукера...
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-35.50)
((((((((((.....((((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...)))))))))(((.((......((((....))))......)). )))..))))))))) (-35.40)
((((((((((.....((((((((....(((....(((...........))) ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-34,90)
((((((((((.....((((((((....(((.(((((...........  .))..))). ..)))...)))))))))(((.((..(..(((((....)))))..)..)). )))..))))))))) (-34.70)
((((((((((((.....(((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))(((((........)))))................. ))))...)))))))) (-34.50)
((((((((((((.....(((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))((((((........)))))..(((......))).... ))))...)))))))) (-34.40)
((((((((((.......((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))(((((........)))))((((..(........).. )))).)))))))))))) (-34.20)
((((((((((((...(((((((((....(((.(((((...........))..))). ..)))...)))))((((((........)))))).....)))......... ))))...)))))))) (-34.00)
((((((((((((...(((((((((....(((.(((((...........))..))). ..)))...))))))(((((........)))))...............)). ))))...))))))) (-33,90)
((((((((((.....((((((((.(((..((..(((.......)))..)). ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-33.70)
((((((((((.....((((((((....(((.........(((......))) ..)))...)))))))))(((........(((((....))))......... )))..))))))))) (-33. 70)
((((((((((.......((((((....(((.(((((............))..))). ..)))...))))))(((((........))))).....((......... ))...))))))))) (-33,60)
 

Пример Выполнение предсказания структуры с помощью SHAPE

 echo GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC | ./linearfold -V --shape пример.shape
GCCUGGUGACCAUAGCGAGUCGGUACCACCCCUUCCCAUCCCGAACAGGACCGUGAAACGACUCCGCGCGCGAUGAUAGUGCGGAUUCCCGUGUGAAAGUAGGUCAUCGCCAGGC
((((((........(((((((((.(((............(((......))) ..)))...))))).)))..(((((((..(((...(((......))).))) .)))))))))))))))) (-66.30)
 

Пример Run Eval

 cat testeval | ./linearfold --eval
УГАГУУКГАУКУКУАААУКГ
.(((........)))........ (-1,80)
AAAACGGUCCUUAUCAGGACCAAACA
.....(((((((....))))))..... (-9.30)
АУУКУУГКУУКААКАГУГУУУГААКГГААУ
(((((...((((((......))))).))))) (-6,80)
UCGGCCACAAACACACAAUCUACUGUUGGUCGA
((((((((((.............))).))))) (-7,80)
ГУУУУУАУКУУАКАКАКГКУУГУГУАГАУАГУУА
....((((((((((((. ...))))))))))))... (-13.00)
echo -e "GGGCUCGUAGAUCAGCGGUAGAUCGCUUCCUUCGCAAGGAAGCCCUGGGUUCAAAUCCCAGCGAGUCCACCA\n(((((((..(((((.......))))(((((((((...)))))))))))) .(((((......))))))))))))....\n" | ./linearfold --eval --verbose
Шпилька петля ( 13, 21) CG : 4,50
Внутренняя петля (12, 22) UA; ( 13, 21) ЦТ : -2.40
Внутренние петли (11, 23) АС; ( 12, 22) UA : -1.10
Внутренняя петля (10, 24) ГК; ( 11, 23) AU : -2.40
Шпилька петля ( 32, 36) UA : 5.90
Внутренняя петля (31, 37) UA; ( 32, 36) UA : -0,90
Внутренняя петля ( 30, 38) ЗС; ( 31, 37) UA : -2.10
Внутренняя петля ( 29, 39) ЗС; ( 30, 38) ЦТ : -3.30
Внутренняя петля (28, 40) UA; ( 29, 39) ЦТ : -2.40
Внутренние петли (27, 41) UA; ( 28, 40) UA : -0,90
Внутренняя петля ( 26, 42) ЗС; ( 27, 41) UA : -2.10
Внутренняя петля (25, 43) ГК; ( 26, 42) ЦТ : -3.40
Петля шпильки (49, 57) ГК: 4,40
Внутренняя петля (48, 58) ГК; ( 49, 57) ГК : -3.30
Внутренняя петля (47, 59) ГК; ( 48, 58) ГК : -3.30
Внутренняя петля (46, 60) UA; ( 47, 59) ГК : -2,10
Внутренняя петля ( 45, 61) ЗС; ( 46, 60) UA : -2.